Na distillatie wordt de spirit opgeslagen in eikenhouten vaten voor minimaal drie jaar, maar vaak veel langer. Vanwege het beperkte aantal eiken in Schotland werden gebruikte vaten ingezet, zoals sherry-, port- of Amerikaanse bourbonvaten. Spaanse sherryvaten waren goedkoper dan Engelse eik, dus werden deze gebruikt. Toen sherryvaten schaarser werden, schakelde men over op Amerikaanse bourbonvaten, die na één keer gebruik beschikbaar kwamen.
Zowel de ketels als de vaten hebben een grote invloed op de smaak en het karakter van de whisky. Sherryvaten geven een sherryachtig karakter, terwijl bourbonvaten een vleugje vanille toevoegen. Tijdens de rijping kan omgevingslucht het vat binnendringen, wat de spirit een uniek karakter geeft afhankelijk van het lokale klimaat. Het deel van de spirit dat verdampt tijdens de rijping wordt de 'Angel's Share' genoemd.
Na het rijpingsproces wordt de spirit verdund met water. Onverdunde whisky wordt 'Cask Strength' genoemd en bevat ongeveer 60% alcohol. Wanneer de spirit uit één enkel vat wordt gebotteld, spreekt men van een 'Single Cask' whisky. Meestal wordt de spirit echter gemengd met andere jaargangen om consistentie te waarborgen; de jongste component bepaalt de leeftijdsaanduiding op de fles.
Bij het mengen met whisky's van andere distilleerderijen spreekt men van een 'Vatted Malt' of een 'Blend'. Sommige distilleerderijen voegen karamel toe om de kleur te verdiepen; dit heeft geen invloed op de smaak.